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analyse, protéomique, logiciels libres, identification et inférence de protéines, X!TandemPipeline, MassChroQ, R, PROTICdb

 

Atelier PAPPSO - "Les outils bioinformatiques d'analyse des données de protéomique développés par la plateforme PAPPSO"

Du lundi 19 au jeudi 22 novembre 2018 --- Ferme du Moulon, Gif-sur-Yvette, Essonne 

Les analyses de protéomique comparative réalisées en bottom-up nécessitent plusieurs étapes de traitement : l'identification des protéines, la quantification des peptides par calcul de l'aire sous la courbe des courants d'ions extraits (XIC) et l'analyse statistique des résultats. Pour réaliser ces différentes opérations, la Plateforme d’Analyse Protéomique de Paris Sud Ouest (PAPPSO) a développé un ensemble complet et cohérent de logiciels qui permettent le traitement de centaines d'échantillons complexes aussi bien sur des PC de bureau classiques que sur des clusters de calcul pour des séries de plus de 200 échantillons :

  • X!TandemPipeline(Langella et al., 2017, Journal of Proteome Research 16:2:494–503) est un logiciel interactif qui permet à la fois de lancer le moteur de recherche X!Tandem et de traiter les questions de redondance dans l'identification des protéines et des phosphopeptides.C’est le seul logiciel capable de traiter par lots et dans des temps très courts un très grand nombre d'échantillons complexes analysés en haute résolution.
    • Nouveau>>> X!TandemPipeline C++ (accepte les données de X!Tandem, Mascot, OMSSA, Sequest, Comet), calculs plus rapides, extraction et visualisation des XIC et des profils isotopiques, ...
  • MassChroQ (Valot et al., 2011, Proteomics 11:3572–3577) est un logiciel de quantification des peptides. Il permet l'analyse en label-free (avec alignement des temps de rétention) ou par marquage isotopique. Il prend en compte le fractionnement des échantillons. MassChroq peut être utilisé quel que soit le spectromètre de masse employé.
  • MassChroqRest un package R comprenant des fonctions évoluées permettant de réaliser facilement des opérations telles que la normalisation des données, le calcul de l'abondance relative des protéines, l'analyse en composantes principales, les analyses de variance, ...
    • Nouveau >>> traitement d’échantillons préfractionnés.

Au cours de cet atelier, nous présenterons le fonctionnement des outils X!TandemPipeline (identification), MassChroQ (quantification) et MassChroqR (analyse de données) et comment les utiliser, au travers de trois sessions combinant des approches théorique et pratique.

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