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analyse, protéomique, logiciels libres, identification et inférence de protéines, X!TandemPipeline, MassChroQ, R, PROTICdb

 

Atelier PAPPSO - "Les outils bioinformatiques d'analyse des données de protéomique développés par la plateforme PAPPSO"

Du lundi 23 au jeudi 26 janvier 2016 --- Ferme du Moulon, Gif-sur-Yvette, Essonne 

Les analyses de protéomique comparative réalisées en bottom-up nécessitent plusieurs étapes de traitement : l'identification et l'inférence des protéines, la quantification des peptides par calcul de l'aire sous la courbe des courants d'ions extraits (XIC) et l'analyse statistique des résultats. Pour réaliser ces différentes opérations, la Plateforme d’Analyse Protéomique de Paris Sud Ouest (PAPPSO) a développé un ensemble complet et cohérent de logiciels qui rendent accessible le traitement de centaines d'échantillons complexes aussi bien sur des PC de bureau classiques que sur des clusters de calcul pour des séries de plus de 200 échantillons :

  •      X!TandemPipeline est un logiciel interactif qui permet à la fois de lancer le moteur de recherche X!Tandem et de traiter les questions de redondance dans l'identification des protéines et des phosphopeptides. Il s’agit du seul logiciel capable de traiter en batch et dans des temps très courts un très grand nombre d'échantillons complexes analysés en haute résolution.
  •      MassChroQ (Valot et al., 2011, Proteomics 11:3572–3577) est un logiciel de quantification des peptides. Il permet l'analyse en label-free (avec alignement des temps de rétention) et par marquage isotopique et prend en compte le fractionnement des échantillons. MassChroq peut être utilisé quel que soit le spectromètre de masse employé.
  •      MassChroqR est un package R en développement comprenant des fonctions évoluées permettant de réaliser facilement des opérations telles que la normalisation des données, le calcul de la valeur d'abondance relative des protéines, l'analyse en composantes principales, les analyses de variance.
logos de GQE-Le Moulon et Micalis

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